Pada gambar data flow diagram di atas merupakan diagram the composite map construction process. Dimana terdapat beberapa sumber ekternal yang di inputkan (masukkan). Sumber eksternal pertama ada Linkage Data yang mempunyai dua alur data, alur pertama berupa pedlegree dan genotypes yang kemudian akan diproses pada Two-Point Analysis. Hasil proses tersebut akan disimpan pada database Chromosome Assigments, setelah disimpan data pada database tersebut diambil untuk diproses oleh Multipoint Linkage Analysis yang kemudian akan menghasilkan Linkage Maps.
Padas umber ekternal kedua, ada data yang diperoleh dari Bovine Sequence yang kemudian akan diproses oleh Match Markers. Kemudian data tersebut diproses kembali pada Resolve Assignments, dan data tersebut dikembalikan ke Macth Markers dan sisanya diberikan ke Joint Linkage / RH Multipoint Analysis untuk diproses. Proses di Joint Linkage / RH Multipoint Analysis merupakan proses gabungan yang datanya di dapat juga dari BAC Fingerprint Map dan Genome Sequence yang berupa Ordering Hints. Setelah diproses menjadi satu data tersebut disimpan pada Consenesus Order Independent Scales., dan diproses oleh Project to Common Scales yang akan menghasilkan Composite Linkage / RH Maps.
Sumber eksternal yang ketiga merupakan data yang diperoleh dari RH Data, seperti Marker ID dan Primer Sequence yang diproses pada Match Markers. Dan Vectors yang diproses pada Two-Point Analysis, lalu data yang diproses pada Two-Point Analysis disimpan pada Chromosome Assignments dan diproses kembali oleh Resolve Assignments. Data hasil prosesan tersebut di kembalikan ke Chromosome Assignments untuk disimpan. Setelah itu Multipoint RH Analysis mengambil data tersebut untuk diproses dan menghasilkan RH Maps.
